Impfprogramme sind von zentraler Bedeutung für eine erfolgreiche Bekämpfung der BHV1 Infektion. Voraussetzung für deren Erfolg ist jedoch ein optimales Management im Betrieb. Insbesondere müssen entsprechende Hygiene- und Quarantänemaßnahmen bei der Einstellung umgesetzt, der Zukauf infizierter Tiere unterbunden und eine lückenlose Dokumentation sichergestellt werden.
Impfprogramme verhindern die klinische Erkrankung und reduzieren die Erregerausbreitung in der Herde (Senkung des Infektionsdruckes). Durch den Impfschutz wird die Ausscheidung von Feldvirus stark eingeschränkt, so dass die Gefahr einer Ansteckung  von Herdenmitgliedern deutlich sinkt. BHV1 freie Tiere wiederum, die einen Impfschutz besitzen, sind  weniger empfänglich für eine Infektion. In Deutschland stehen für die BHV1-Bekämpfung markierte Lebend- und Totimpfstoffe zur Verfügung. Daneben sind auch noch konventionelle Vakzinen zugelassen, die attenuiertes „Vollvirus“ enthalten.

Grundsätzlich wird bei den BHV1 Impfstoffen zwischen Lebendimpfstoffen (attenuiertes Impfvirus) und Totimpfstoffen (inaktiviertes Impfvirus) unterschieden. Lebendimpfstoffe enthalten einen infektiösen aber abgeschwächten (attenuierten) BHV1 Stamm. Dieser kann sich im Wirtstier vermehren, ist aber avirulent. Da das Virus in Lebendimpfstoffen vermehrungsfähig ist, können diese nicht nur systemisch (intramuskulär oder subkutan) sondern auch intranasal (d.h. lokal) eingesetzt werden. Sie haben den Vorteil, dass sie auch zur Notimpfung dienen können, um eine weitere Ausbreitung im Bestand zu verhindern. Bei intranasaler Verabreichung tritt bereits innerhalb von einigen Stunden eine lokale Immunität ein. So können auch junge Kälber mit noch vorhandenen maternalen Antikörpern wirksam geimpft werden.
Totimpfstoffe sind dagegen nicht replikationsfähig und nicht „infektiös“. Bei der Herstellung von Totimpfstoffen werden die Viruspartikel durch Chemikalien wie Alkohole oder Aldehyde inaktiviert. Totimpfstoffe beinhalten Adjuvantien wie Aluminiumhydroxid um eine genügende Immunantwort zu induzieren. Die Applikation erfolgt subkutan um unerwünschte lokale Reaktionen zu vermeiden. Impfstoffe aus inaktivierten Erregern schützen vor klinischen Erkrankungen. Sie sollten aber nur in Beständen ohne aktuelles klinisches Geschehen angewandt werden.

Konventionelle Impfstoffe
Vor 1995 wurde mit konventionellen Impfstoffen bei einem höheren Durchseuchungsgrad nur der positive Teil der Herde oder der gesamte Bestand geimpft. Dabei bestand jedoch die Gefahr, dass sich die negativen, nicht geimpften Tiere infizierten und erkrankten. Deshalb konnten sich in nicht geschützten Herden BHV1 Infektionen ausbreiten. Weiterhin war mit konventionellen Impfstoffen keine Unterscheidung zwischen Impfschutz und Infektionsimmunität möglich. Neben Beschränkungen im Tierverkehr führte dies immer wieder zu Rückschlägen in der BHV1 Bekämpfung. In einigen Bundesländern wird der Einsatz dieses Vakzinetyps nicht mehr unterstützt (z.B. Bayern).

Markervakzinen
Diese Situation änderte sich 1995 mit der Einführung der sogenannten Markerimpfstoffe auch DIVA-Vakzinen (differentiating infected from vaccinated animals) genannt. Durch den Einsatz von Markerimpfstoffen wurde es möglich, impfstoffbedingte und Feldvirus-induzierte Antikörper zu unterscheiden. Markervakzinen sind Impfstoffe, die auf strukturell veränderten Vakzinestämme basieren. Durch die Veränderung können Impf- und Feldvirus unterschieden werden. Für die Diagnostik wesentlich ist die Tatsache, dass Markerimpfstoffe ein Antikörperprofil induzieren, welches sich von dem einer Feldinfektion unterscheidet. Markerimpfstoffe bieten klare Vorteile bei der Bekämpfung von Infektionskrankheiten, die über serologischen Untersuchungen diagnostiziert werden. Von der Art der Markierung wird zwischen Positiv- und Negativ-Markervakzinen sowie Subunit-Vakzinen unterschieden.

Zur Herstellung von Positiv-Markervakzinen wird dem Impfstoff ein Marker-Antigen (i.d.R. ein Protein) zugemischt oder gentechnisch an das Vakzinevirus gebunden. Nachteilig ist, dass spätere Infektionen mit Feldvirus, d.h. nach der Impfung, nicht mehr nachgewiesen werden können. Bei Subunit-Vakzinen werden nur Teilstücke von Erregern verwendet. Der Nachweis von Feldvirusinfektionen ist auch nach der Impfung möglich. Lebendvakzinen davon stehen natürlich nicht zur Verfügung.
Negativ-Markervakzinen sind dadurch gekennzeichnet, dass dem Virusgenom eine Komponente fehlt. Da ein Gen teilweise oder vollständig verloren  gegangen (deletiert) ist, spricht man auch von Deletionsmutanten. Diese können auf natürlichem Wege entstehen oder gentechnisch hergestellt werden. Vorteilhaft beim Einsatz von Negativ-Markervakzinen ist zum einen die Möglichkeit, dass Feldvirus-Infektionen auch nach einer Impfung diagnostiziert und zum anderen auch Lebendimpfstoffe hergestellt werden können. Die in Deutschland eingesetzten Markervakzinen basieren mit einer Ausnahme auf zwei nicht-gentechnisch entstandenen Labormutanten. Bei diesen Impfvirus-Stämmen ging die genetische Information für das Glykoprotein E (gE) durch in vitro Passagierung verloren. Glykoprotein E ist ein wichtiger Faktor bei der direkten Ausbreitung von Zelle zu Zelle.
 
Anforderungen an Negativ-Markervakzinen
Zum Einsatz in BHV1-Bekämpfungsprogrammen müssen negativ markierte Impfstoffe folgende Anforderungen erfüllen:
1. Der Impfstamm muss genetisch stabil sein. Bei Lebendvakzinen dürfen keine Rückmutationen auftreten.
2. Der im Impfstamm fehlende Genomabschnitt (Deletion) muss in allen Feldvirustypen enthalten sein. Das bedeutet, dass aufgrund einer Feldvirusinfektion seropositive Rinder gegen das deletierte Markerantigen Antikörper ausbilden. Somit ist eine Unterscheidbarkeit zwischen impfstoffbedingten Anktikörpern und Feldvirus-induzierten Antikörpern gegeben.
3. Die „Antikörper-Lücke“ bei mit Markervakzinen geimpften Tieren (d.h. feldvirusfreien Tieren) muss einfach und schnell nachweisbar sein. Zur Zeit werden dafür ELISA Systeme eingesetzt. Auch mehrfach geimpfte Tiere müssen im Test negativ bleiben.
4. Die in Zusammenhang mit Markervakzinen eingesetzten Testsysteme sollten mit unterschiedlichen Probenmaterialien wie Serum, Plasma, Einzel- und Tankmilchproben anwendbar sein. Die Testsysteme müssen eine hohe Sensitivität und ausreichende Spezifität aufweisen.