Die Blauzungenkrankheit ist in Deutschland und den Ländern der EU anzeigepflichtig. Ihre Bekämpfung ist durch die EU-Richtlinie 2000/75/EG des Rates vom 20. November 2000 geregelt. National gilt in Deutschland die "Verordnung zum Schutz gegen die Blauzungenkrankheit vom 22. März 2002. 

Da der Ausbruch der Blauzungenkrankheit eine ernste Gefahr für die Tierhaltung in der betroffenen Region, im jeweiligen Mitgliedstaat und für die ganze EU darstellt, sind alle Maßnahmen darauf gerichtet, vor allem eine Ausbreitung der Seuche zu verhindern. 

Sperrzone, Schutzzone und Beobachtungsgebiet
Es ist eine Sperrzone sowie ein Beobachtungsgebiet festzulegen, das Wiederkäuer nicht verlassen dürfen. Der Transport innerhalb des Beobachtungsgebietes ist jedoch gestattet. In der Sperrzone müssen die Tiere während der Nacht in ihren Ställen bleiben, der Transport auf oder von den Höfen ist verboten. Der Einsatz von Insektiziden ist vorgeschrieben, um den Überträger des Virus auszurotten. 

Die Zonen werden in Abhängigkeit von den verfügbaren epidemiologischen, geografischen, entomologischen und klimatischen Daten festgelegt. Da das Klima einschließlich Windverhältnisse einen großen Einfluss auf die Epidemiologie hat, muss mit deutlicher Dynamik hinsichtlich der Grenzen infizierter Gebiete gerechnet werden. In den Niederlanden, Belgien und in Deutschland wurde um die betroffenen Betriebe ein Sperrzone mit einem Radius von 20 km, eine Schutzzone mit einem Radius von 100 km und ein Beobachtungsgebiet von 150 km Radius eingerichtet. 

Keulung
Eine Bestandstötung wird durch die BT-Verordnung nicht zwingend vorgeschrieben. Jedoch sollten unter Berücksichtigung der Tatsache, dass es sich bei der Blauzungenkrankheit in Deutschland um eine so genannte exotische Tierseuche handelt und immer die Gefahr einer unkontrollierten Infektion von einheimischen Vektoren besteht, zumindest betroffene Schaf- und Ziegenbestände getötet werden. Für die weit weniger krankheitsempfänglichen, aber häufig persistent infizierten Rinder sollte in Abhängigkeit von der Einschätzung der Mückensituation, der Situation im Betrieb, dem Serotyp des BTV, der Wirtschaftsform (z.B. Weidehaltung) sowie der epidemiologischen Gesamtsituation bezüglich der Blauzungenkrankheit in der Region entschieden werden. 

Insektenbekämpfung
Die BT-Verordnung schreibt außerdem eine Insektenbekämpfung in den betroffenen Gebieten vor. Den Tierhaltern wird die prophylaktische Anwendung von Insektenschutzmittel empfohlen, um ihre Tiere vor einer Ansteckung zu schützen. Butox 7,5 mg/ml pour on ist zur Behandlung und Prophylaxe des Befalls mit stechenden und nicht stechenden Weidefliegen (Rinder) und Schaflausfliegen, sowie Läusen und Haarlingen (Rinder und Schafe) zugelassen. Darüber hinaus wird es in europäischen Nachbarländern (Italien, Frankreich, Spanien) erfolgreich zur Kontrolle der lebenden Vektoren der Blauzungenkrankheit eingesetzt.