Nach der transdermalen Infektion (p.i.) kommt es etwa 3 Tage später zu einer Virämie, die ihren Höhepunkt nach etwa 10 – 15 Tage p. i. erreicht. Bei Schafen und Ziegen kann sie aber auch bis 60 Tage andauern. Die Dauer der Virämie bei natürlich infizierten Rindern beträgt rund 60 Tage. Fälle bis zu 100 Tagen und intermittierender Verlauf wurden beschrieben.

In den ersten 10 Tagen nach der Infektion sind die Lymphorgane des Wirts primäres Ziel des Virus. Anschließend heftet sich das Virus an die Erythrozyten und bleibt dort, bis der Erythrozyt abstirbt. 

Der Krankheitsverlauf sowie die Morbidität hängt zum einen von der Art und der Rasse der betroffenen Tiere ab, zum anderen von der Virulenz des Virusstammes. Obgleich die Krankheit einen unterschiedlichen Verlauf nehmen kann, treten beim Schaf nach einer Inkubationszeit von 3-7 Tagen in der Regel folgende Symptome auf: Fieber, allgemeine Schwäche, Hyperämie der oralen und nasalen Schleimhäute, Salivation, Nasenausfluss, Gingivitis, Ulzerationen im und um das Maul (Zahnfleisch, Backen und Zunge). Im weiteren Verlauf setzen Inappetenz und Schläfrigkeit ein. Akute Formen führen vom Katarrh der Kopfschleimhäute bis hin zu Kopfödemen und Gangränen. Typisch und damit namengebend für die Krankheit ist die intensive Hyperämie und Schwellung der Zunge wegen des Austritts intravasaler Flüssigkeit infolge der Gefäßwandzerstörungen durch das Virus. Rötungen und Blutungen des oberen Klauenrandes und Lahmen können ebenfalls beobachtet werden. Mitunter können auch Aborte und kongenitale Missbildungen insbesondere nach Infektion mit schwach virulenten BTV-Serotypen auftreten. Auch können in einigen Fällen Veränderungen der Skelettmuskulatur eintreten. Die befallenen Schafe sterben meist nach 2-8 Tagen. Die Mortalitätsrate wird mit 2-80 Prozent angegeben. Die Stärke der Symptome kann zwischen den einzelnen Rassen variieren. In vielen Teilen der Welt verläuft die Blauzungenkrankheit gewöhnlich subklinisch. 

Beim Rind ist die klinische Symptomatik i. d. R. geringer ausgeprägt als beim Schaf. Auch Ziegen sind verglichen mit Schafen weniger empfänglich. Wegen der Besonderheiten der diaplazentaren Übertragung beim Rind ist ein Verdacht auf eine BTV-Infektion bei Fruchtbarkeitsstörungen und Aborten eine intensive differential- diagnostische Untersuchung einschließlich BTV-Abklärung erforderlich. 

Virusnachweis
Ein Virusnachweis im Blut gelingt frühestens 6 Tage p.i.. Die Antikörperbildung beginnt ca. 7 Tage p.i. und erreicht innerhalb von 4 Wochen den Höhepunkt. Hinweise bezüglich einer möglichen Immuntoleranz gegen BTV sind nicht bekannt. Der Nachweis kann mit Hilfe von Realtime-PCR  oder ELISA erfolgen. Der Virusnachweis im Blut gelingt etwa 45-90 Tage lang. Der Nachweis von Virusgenom mittels rt-PCR bis zu 220 Tagen. 

Differenzialdiagnose
Maul- und Klauenseuche, Rinderpest, Bovine Virusdiarrhoe (BVD), Bösartiges Katarrhalfieber (BKF), Infektiöse Stomatitis, Schafpocken und Photosensibilisierung.