Fohlen infizieren sich mit dem Zwergfadenwurm überwiegend über die Muttermilch und dies bereits in den ersten Lebenstagen. Saugfohlen sollten deshalb in der zweiten Lebenswoche gegen den Zwergfadenwurm entwurmt werden. Hierbei ist darauf zu achten, dass eine Wurmkur verwendet wird, die bereits bei so jungen Fohlen eingesetzt werden kann. Wurmpasten mit Fenbendazol sind bereits in diesem Alter ausgezeichnet verträglich. Andere Wirkstoffe sind entweder unwirksam oder dürfen nach Empfehlungen der Hersteller erst zu einem späteren Zeitpunkt verabreicht werden. Da die Wurmlarven über mehrere Wochen mit der Stutenmilch übertragen werden, sollten die Fohlen bis zu einem Alter von ca. 8 Wochen alle 2 Wochen behandelt werden. Auch die Behandlung der Stuten am Tag des Abfohlens mit Ivermectin kann die Zahl der Larven in der Stutenmilch deutlich reduzieren.

Bei Spulwurmbefall beginnt die Behandlung der Fohlen im Alter von ca. 6-8 Wochen und wird in Intervallen von 6-8 Wochen bis zum Absetzen weitergeführt. Auch hier sollte eine für Fohlen gut verträgliche Wurmpaste eingesetzt werden.